Я только...ммм... несколько часов изучаю TES CS и возникли такие вопросы:
1. Возможно ли динамически создавать NPC?
Их следует создать в конструкторе предварительно, если требуется эксклюзив. Когда они созданы, то можно. Имеющиеся в игре создавать заново, разумеется, не нужно.
2. Возможно ли взаимодействовать с файлами во время игры (к примеру я что то исправил в блокноте сохранил а скрипт через определенное время прочитал что там)?
Нет, ни с какими посторонними файлами Морровинд не взаимодействует.
3. Ну или почти тоже самое что и 2-й пункт возможно ли просто получать напрямую данные из ОС?
Нет.
Кстати, пока писал, вдруг появилась такая мысль, возможно ли такое - создать глобальную переменную, связаную с каким то текстовым файлом, при этом написать скрипт который мог бы проверять содержимое этой переменной, будет ли она изменяться, если я заменю данные в файле? 
Все значения глобальных переменных сохраняются в твоем save-файле. То есть, ты можешь их использовать как тебе заблагорассудится, если в своем плагине ты создал свои новые глобальные переменные.
Короче говоря, все твои новые "навороты" (модели, анимация, квесты и пр.) сохраняются в твоем плагине
*.esp, а все значения переменных (и локальных, и глобальных) - в файлах-сохраненках
*.ess.
Вообще-то, почитай MSFD 8 rus - учебник по скриптам. Там очень много нужной информации на интересующую тебя тему, в том числе и по включению/отключению неписей динамически, в нужный момент. Для этого существуют специальные скриптовые функции.
